Vertreter der NPD bemühten sich im Herbst 1989 in Sachsen Fuß zu fassen. Als Plattform boten sich die Montagsdemonstrationen an. Am 24. März 1990 gründeten sich die "Mitteldeutsche Nationaldemokraten" (MND) in Leipzig. Trotz Unterstützung von westdeutschen NPD-Anhängern erfolgte bewusst keine NPD-Gründung, um einem Betätigungsverbot durch die Volkskammer zu entgehen (so im Februar 1990 gegenüber den REP geschehen). Ein NPD-Landesverband konstituierte sich dann am 2. September 1990. Erster NPD-Landesvorsitzender war Jürgen Schön (Jürgen Schön ist seit 2004 Abgeordneter im Sächsischen Landtag, er zog über die NPD-Liste ein. Am 23. Dezember 2005 trat er aus der NPD und der NPD-Fraktion aus.). Am 7. Oktober 1990 fand in Erfurt ein "Vereinigungsparteitag" der ost- und wesdeutschen Landesverbände u. a. auch mit der MND statt.
1991 hatte die NPD 400 Mitglieder und 16 Kreisverbände. Bis 1994 sank die Mitgliederzahl auf unter 100; zahlreiche Kreis- und Ortsverbände lösten sich wieder auf. 1995 reduzierte die NPD im Rahmen einer Strukturreform die Anzahl der Kreisverbände.
Nach der Amtsenthebung von Günter Deckert als Bundesvorsitzenden der NPD im November 1995 durch das NPD-Präsidium empörten sich Deckerts Anhänger u. a. der sächsische Landesverband. Auf Grund dessen wurde dieser vom Bundesverband unter Notstand gestellt; der Landesvorstand mit Torsten Keil als Landesvorsitzenden wurde seines Amtes enthoben. Winfried Petzold wurde neuer Landesvorsitzender. Die Entmachteten um Keil gründeten den Nationalen Freundeskreis Mitteldeutschland als einerseits parteiintern, andererseits gegen die NPD gerichtete Oppositionsplattform.
Unter Udo Voigt als neuen Bundesvorsitzenden (seit 1996) erfolgte eine Radikalisierung der gesamten NPD. Er setzt auf den Aufbau neuer Organisationsstrukturen, die Mitgliederzahlen, aber auch die mediale Präsenz steigt. Die NPD beginnt sich gegenüber neonationalsozialistischen bzw. rechtsextremen Organisationen zu öffnen. Ihre Aktionen werden aktionsorientierter. So wuchs ab 1997 die Mitgliederzahl der sächsischen NPD auf ca. 500. Den Höchststand an Mitgliedern erreichte die sächsische NPD 1998 mit ca. 1400, der Landesverband war damit der zahlenmäßig größte in der Bundesrepublik.
1999 erreichte die NPD neun Kommunalmandate, verpasste aber den Einzug in den sächsischen Landtag. Innerhalb eines Jahres sank die Mitgliederzahl um knapp 30%. Die Jungen Nationaldemokraten (JN) Sachsen - gegründet am 16. November 1998 in Dresden – lösten sich im Juni 1999 selbst auf.
Ab 2000 folgt die sächsische NPD dem "Drei-Säulen-Konzept" und setzt auf stärkerere Vernetzung mit dem rechtsextremen Umfeld der Partei. Die Deutsche Stimme Verlagsgesellschaft verlegte ihren Sitz nach Riesa. Auch die JN legte ihren Bundessitz nach Riesa. Organisatorisch wurde Sachsen aufgewertet.
Bei den Kommunalwahlen 2004 errang die NPD 45 Mandate (einschließlich Nationales Bündnis Dresden). 2004 zog die NPD in den Sächsischen Landtag ein. Sie erhielt 9,2% der Stimmen und 12 Sitze im Sächsischen Landtag. Durch die Austritte von drei Abgeordneten und den Ausschluss eines Abgeordneten verfügt die NPD noch über 8 Sitze.